Pineda hizo su aparición en el futbol mexicano en el año 2003, cuando debutó con Pumas; Hugo Sánchez le dio la oportunidad.
En el primer semestre del 2004, Gonzalo Pineda logró ser campeón con los Pumas al vencer a Chivas en penaltis.
Pineda formó parte del equipo de Pumas que consiguió el Bicampeonato en el futbol mexicano a finales del 2004.
El futbolista tuvo la oportunidad de jugar en Chivas, donde volvió a ser campeón de Liga; fue en el año 2006.
En el año 2014, Pineda decidió cambiar de aires y dejó el futbol mexicano para probar suerte con el Seattle.
En enero de 2016, el futbolista decidió poner fin a su carrera como futbolista profesional. Lo hizo con el Sounders.
Tras el retiro, Gonzalo Pineda probó suerte como comentarista en la cadena Univisión en el año 2016.
En enero de 2017, Pineda deja la TV para integrarse como auxiliar técnico en el Seattle Sounders con Brian Schmetzer.
A inicios de 2021 fue candidato para dirigir al DC United; sin embargo, este 12 de agosto fue anunciado como DT del Atlanta.